La riscoperta di una antica collezione di strumenti scientifici in particolare il suo ripristino per la fruizione rappresenta un grande avvenimento culturale, una testimonianza viva di come si insegnavano le scienze nel secolo passato a Napoli.

La collezione, costituita da circa 300 tra strumenti ed apparati permetteva di affrontare diversi ed importanti argomenti di scienze. Il decreto istitutivo dei laboratori di scienze, del 10 ottobre 1867 così recitava "in questo insegnamento si deve parlare agli occhi dei giovani mentre si parla alla loro mente, facendo vedere gli oggetti di cui si tiene discorso, oppure disegni corrispondenti."

La sezione del Museo di fisica comprende strumenti di elettrostatica, elettromagnetismo,ottica, acustica, meccanica, termologia; tra i più pregiati si possono annoverare i seguenti: macchina di Atwood, macchina di Ramsden, telegrafo, banco di Melloni, bussola delle tangenti, lanterna di Duboscq, risuonatori di Helmotz, capsula monometrica, apparecchio di Savart con risuonatore.

La Sezione di scienze del Museo comprende un variegato patrimonio di reperti costituito da animali imbalsamati, reperti in vetro, minerali vari.